Kirkko on nimetty piispa Mikael Agricolan mukaan, jonka työ loi perustan suomen kirjakielelle. Se kuuluu Helsingin tuomiokirkkoseurakuntaan ja kohoaa Punavuoren ja Eiran kattojen yläpuolelle. Täällä on vuodesta 1988 pidetty epäilijöille suunnattua Tuomasmessua, ja Agricolaliike-verkosto on toiminut kirkossa vuodesta 2009.
Kirkossa järjestetään muun muassa keskiviikkoisin Agricolamessu, viikkomessuja ja anglikaaninen laulettu ehtoollinen, ja kryptassa on diakonialounas. Esteetön sisäänkäynti on Sepänkadun puolella, ja ennen käyntiä pyydetään soittamaan suntiolle. Pysäköintialue ja wc ovat esteettömiä.
